Совершенно оригинально задуман у Леонардо и пейзаж. Пожалуй, впервые в искусстве того века фигуры располагаются не перед пейзажем, а в самом пейзаже. Несмотря на поразительную точность в передаче деталей — цветов, папортника, скалистых уступов, — пейзаж воспринимается как нечто единое. Он служит идеальным фоном для фигур и, не отвлекая внимания от последних, придаёт композиции картины замечательную цельность.
На протяжении 80-х годов Леонардо исполнил несколько портретов. Человек всегда стоял в центре его внимания, он часами изучал выражение лица своих моделей, их движения и жесты, их манеру держать себя и говорить. При этом Леонардо даёт следующий совет молодым художникам: «Рисуй его (то есть человека) так, чтобы тебя не видели». Тем самым он требует от портрета той естественности выражения, в которой не было бы ничего от нарочитости позирования. Как раз этим качеством и отличаются леонардовские портреты.
Около середины 80-х годов возникла «Мадонна Литта», хранящаяся ныне в Государственном Эрмитаже. Эта картина написана не маслом, а темперой, то есть красками, разведёнными на яичном желтке. К такой технике Леонардо прибегал лишь в виде исключения, что объясняет несколько необычную для него манеру письма — менее мягкую и более детализированную.
Сохранился великолепный рисунок мастера к голове Марии, по-видимому, сделанный с натуры и отличающийся большой жизненностью.
По полнокровности ощущения действительности и по тонкости исполнения «Мадонна Литта» занимает выдающееся место среди произведений итальянской живописи XV века — это один из самых поэтических образов всего искусства эпохи.
Наиболее прославленное произведение Леонардо — знаменитая «Тайная вечеря» — роспись в миланском монастыре Санта Мария делла Грация. Эта роспись, давно уже представляющая руину, была выполнена между 1495 и 1497 годами. Причина её быстрой порчи, дававшей о себе знать уже в 1517 году, заключалась в своеобразной технике, сочетавшей масло с темперой.
В связи с «Тайной вечерей» Вазари — биограф Леонардо — приводит забавный эпизод, характеризующий манеру работы художника и его острый язык. Недовольный медлительностью Леонардо, приор (настоятель) монастыря настойчиво требовал от него, чтобы он скорее закончил своё произведение. «Ему казалось странным видеть, что Леонардо целую половину дня стоит, погружённый в размышление». Приору хотелось, чтобы художник не выпускал кисти из рук. Пожаловавшись герцогу, он стал донимать его. Герцог был вынужден послать за Леонардо и просить его взяться за работу, давая при этом понять, что всё это он делает по настоянию приора. Затеяв с герцогом разговор на художественные темы, Леонардо сказал, что он близок к окончанию росписи и что ему остаётся написать лишь две головы — Христа и предателя Иуды. Голову последнего он «хотел бы ещё поискать, но в конце концов, если не найдёт ничего лучшего, он готов использовать голову этого самого приора, столь навязчивого и нескромного». Это замечание весьма рассмешило герцога, сказавшего, что он тысячу раз прав. Тогда бедный смущённый приор оставил в покое Леонардо, который закончил голову Иуды, оказавшуюся «истинным воплощением предательства и бесчеловечности».
